Dos años después de que los humanos de la colonia de San Francisco pidiesen ayuda a una base militar en el norte durante el ataque de Koba en Dawn of the Planet of the Apes, el clan de simios dirigido por César es atacado en el bosque por la facción militar Alfa-Omega, compuesta por militares de las fuerzas especiales, a la que se han aliado algunos simios que en su día apoyaron a Koba, el simio que intentó dar un "golpe de estado" contra César.