El filme sigue nuevamente la historia de Thomas, quien junto a los demás habitantes del área ha conseguido escapar con vida del laberinto. Al sospechar que han sido engañados, muestran su desagrado por las constantes pruebas a las que son sometidos y deciden escapar una vez más, esta vez adentrándose en un desierto con altas temperaturas plagado de cranks y otros misterios, hasta que finalmente descubrirán la verdad.