El enemigo interno es una investigación de largo aliento sobre los orígenes de la guerrilla mexicana, la fusión de la insurgencia rural con la urbana, la política de aniquilamiento de las primeras olas del movimiento guerrillero mexicano, así como el desarrollo de agrupaciones paramilitares como el Batallón Olimpia, Los Halcones y la Brigada Blanca, cuyo objetivo fue destruir físicamente a las organizaciones de jóvenes que no vieron en su momento más alternativa que tomar las armas para resolver los problemas acuciantes de injusticia, pobreza y violencia en el país.