Thomas y sus amigos descansan después de escapar del Laberinto. Por fin sienten que están a salvo. Pero unos gritos desquiciados los despiertan y los enfrentan a una realidad aún más aterradora que la anterior. Para sobrevivir, deberán emprender una travesía en la que cada desafío los enfrentará a nuevos peligros: calor ardiente, destrucción, un aire irrespirable.