Cinco años después de los eventos de Hombres de Negro, el exagente K, Kevin Brown (Tommy Lee Jones) vive una vida cotidiana, trabajando como administrador de correos en la pequeña ciudad de Truro, Massachusetts y sin recordar que antaño trabajó como hombre de negro. El agente J (Will Smith) continúa trabajando para Hombres de Negro, la agencia autofinanciada de Nueva York, que monitoriza y regula la actividad extraterrestre en la Tierra.