En 2016, los agentes H y High T del MiB viajan a París para detener una invasión de la colmena, una raza parásita que invade los planetas fusionándose con el ADN de las especies conquistadas, en la Torre Eiffel utilizando un agujero de gusano incluido en la migración original a la Tierra. Veinte años antes, en 1996, Brooklyn, Molly Wright es testigo de que sus padres son neutralizados por agentes de Men in Black mientras ella ayuda a un extraterrestre a escapar, evitando la neuralización.