Under the Air nos sitúa en un futuro distópico donde la humanidad ha sido dividida en dos clases: los "superiores", que viven en la superficie de la Tierra en ciudades tecnológicamente avanzadas, y los "inferiores", que viven bajo tierra en condiciones de pobreza y opresión. La trama sigue a un joven llamado Luna, un miembro de la clase inferior que sueña con ascender a la superficie y vivir en la libertad que allí se disfruta.